由于阿米巴滋養體主要侵犯腸道，所以患者可有腹瀉或痢疾病史。發生阿米巴性陰道炎后最主要的癥狀是分泌物異常，為血性漿液性或膿性粘液性分泌物，并伴有陰道、外陰瘙癢、疼痛。這是因為阿米巴滋養體可使陰道上皮細胞壞死，形成潰瘍所致。如發生局部組織增生，可形成腫瘤樣物，會被誤診為惡性腫瘤或結核，這時需要活組織檢查以鑒別診斷。